一、檢驗前的準備工作：
1．包裝無菌取樣的工具：
擁有正確的采取產品或加工過程的無菌取樣器械工具是至關重要的的。除非使用合適的采集工具，否則樣品的完整性會被懷疑，甚至樣品毫無意義。為了避免沒有合適的取樣工具，建議建立一個無菌取樣的分析清單，來收集取樣工具。如果可能盛樣品的容器在最初進入加工區之前應當被預先標識，象樣品號、取樣日期、取樣人等。這樣可以使在不同的工廠條件下的樣品取樣更為方便一些。附加樣品號碼一般在樣品采集中被正式確定下來，因此不用預先標明。
人員的工具設施，象工作服、發網或消毒處理過的清潔的鞋靴必須具備有助于證明采集者沒有污染到食物產品或樣品。
2．生產線樣品In-Line Samples：
生產線樣品一般是指原材料，原料生產用水、包裝材料或其他任何使用在生產線的材料。
生產線樣品的采集一般用來確定細菌污染源是否來自于原材料或加工序中的某些地方。
3．環境樣品：
環境樣品用細菌拭子，（注：細菌拭子樣品不能給出／測出微生物的定時結果，因為樣品非常小，顯著微生物會經常丟失），棉拭子的取樣部位一般來自于食品接觸面，地板噴濺物。墻壁、頂部管道和檢驗中考察的其他潛在污染源程序，并且記錄可能的聯系，在環境樣品來源和食物產品的污染方面，可以使樣品具有意義，并且是提倡這樣做的，例如：
地面噴濺水：工人從有地面污水的地方走過后又回到加工區域嗎？
墻壁：墻壁上面和在制品上面有昆害蟲嗎？
天花板：冷凝物或噴漆有無掉落到產品上或被發現與產品相接觸？
4．某些準備
干冰：（有的稱為gel backs）
如果使樣品在貯運過程中保持冷卻，一些種類的制冷劑是必需的。檢查觀看干冰袋子是否有接觸，如果泄漏可能污染樣品，你也可以用濕冰，濕冰可以由工廠提供，然而取樣前必須清楚這一點，如果想保持樣品冷凍，干冰應在檢驗前獲得。
盒子或制冷皿：
檢驗員需要貯藏、運輸他們的樣品，如果樣品不需冷凍，那么用一個盒子即可，但如果樣品需要冷卻，一個標準的制冷皿或保溫箱是必須使用的，一般來講制冷皿隨帶著一個塑料袋，樣品可以放還袋子里，制冷劑象干冰，等可以放置在袋外，這樣樣品被冰污染的可能性就被避免了。
滅菌容器：
從塑料袋到滅菌的加侖漆桶，可以用于有銳利邊面的產品如蟹、蝦等。
取樣工具：
取樣工具包括：茶匙、角匙、尖嘴鉗、fovceps tongs 量筒和燒杯，工具的類型一般由取樣產品來決定。
所有取樣設施和容器的滅菌日期應當被檢查、滅菌時間應當在儀器設施的標簽和包裝上標明，一些儀器設施可以在當地實驗室滅菌處理或購買滅菌儀器，在當地實驗室滅菌的儀器設施一般可以保持至少兩個月，過期后設施必須重新滅菌。
滅菌手套：
滅菌手套在采樣中并非必須啟用，如果一個產品在樣品收集過程中必須被接觸，那么最好讓工廠生產線的工人來做（加工處理產品的工人），將樣品放入收集容器中，既然工人在生產過程中處理接觸產品，那么我們就不能認為他們對產品又有附加的污染。
當用手套時必須用一種避免污染的方式戴上，手套的大小必須適合工作的需要。
無菌棉拭子：
一般用于拭取儀器設施和工廠環境區域，使用棉拭子一般有一個正確的程序，打開棉拭子剝掉表皮，然后必須小心的放在試管頭上，注意不要沾染棉拭子的外端；下一步擦拭要取樣的部位，象案板頭或頂部管道，然后從試管頭上小心翼翼地將拭子放入——將其全部堆入直到試管中部。
滅菌全包裝袋：
袋子必須購買滅菌的，使用時只需撕掉封頭，用提供的地方張開袋子，將樣品放入，然后將袋子頂端卷起，用線繩扎實牢；底部應當折疊兩次，以便線繩不會穿透塑料袋，導致樣品泄露。
當樣品收集時，樣品采集時的條件例如產品的溫度、地點等，連同扦樣樣品號嘜頭，一并記錄入檢驗員的注釋說明中，取樣的樣品可以從樣品號、采集日期、附加樣品號，最初調查人和其他鑒別信息事區分。
當采集無菌樣品時，一條最重要的規則是：千萬別污染樣品。
這需要樣品采集人非常小心地采集所有附加樣品，確保不違反這條規則。
二、取樣方案
微生物檢驗的特點是一個以小份樣品的檢測結果來說明一大批食品衛生質量，因此，用于分析的樣品的代表性至關重要，也即樣品的數量、大小和性質對結果判定產生重大影響。要保證樣品的代表性首先要有一套科學的抽樣方案，其次使用正確的抽樣技術，并在樣品的保存和運輸過程中保持樣品的原有狀態。
一般說來，進出口貿易合同對食品抽樣量有明確規定的，按合同規定抽樣；進出口貿易合同沒有具體抽樣規定的，可根據檢驗的目的，產品及被抽樣品批的性質和分析方法的性質確定抽樣方案。目前最為流行的抽樣方案為ICMSF推薦的抽樣方案和隨機抽樣方案，有時也可參照同一產品的品質檢驗抽樣數量抽樣，或按單位包裝件數N的開平方值抽樣。無論采取何種方法抽樣，每批貨物的抽樣數量不得少于5件。對于需要檢驗沙門氏菌的食品，抽樣數量應適當增加，最低不少于8件。
ICMSF推薦的抽樣方案
ICMSF的采樣設想及其基本方法
用于分析所抽樣品的數量、大小和性質對結果會產生很大影響。在某些情況下用于分析的樣品可能代表所抽“一批”（lot）樣品的真實情況，這適合于可充分混合的液體，如牛奶和水。
在“多批”（Lots或“batchers”）食品的情況下就不能如此抽樣，因為“一批”容易包含在微生物的質量上差異很大的多個單元。因此在選擇抽樣方案之前，必須考慮諸多因素（ICMSF，1986），包括：
——檢驗目的
——產品及被抽樣品的性質
——分析方法
ICMSF提出的采樣基本原則，是根據（1）各種微生物本身對人的危害程度各有不同。（2）食品經不同條件處理后，其危害度變化情況：①降低危害度；②危害度未變；③增加危害度，來設定抽樣方案并規定其不同采樣數。目前，加拿大、以色列等很多國家已采用此法作為國家標準。在進行詳細敘述之前，先解釋四個代號：
n：系指一批產品采樣個數。
c：系指該批產品的檢樣菌數中，超過限量的檢樣數，即結果超過合格菌數限量的最大允許數。
m：系指合格菌數限量，將可接受與不可接受的數量區別開。
M：系指附加條件，判定為合格的菌數限量，表示邊緣的可接受數與邊緣的不可接受數之間的界限。
1．ICMSF的采樣方法
有些實驗室在每批產品中，僅采一個檢樣進行檢驗，該批產品是否合格，全憑這個檢樣來決定。ICMSF方法與此不同，它是從統計學原理來考慮，對一批產品，檢查多少檢樣，才能夠有代表性，才能客觀地反映出該產品的質量而設定的。ICMSF方法中包括二級法及三級法兩種。二級法只設有n、с及m值，三級法則有n、c、m及M值。M即附加條件后判定合格的菌數限量。
（1）二級抽樣方案。自然界中材料的分布曲線一般是正態分布，以其一點作為食品微生物的限量值，只設合格判定標準m值，超過m值的，則為不合格品。檢查在檢樣是否有超過m值的，來判定該批是否合格。以生食海產品魚為例n=5，c=0，m=102，n=5即抽樣5個，c=0即意味著在該批檢樣中，未見到有超過m值的檢樣，此批貨物為合格品。
（2）三級抽樣方案。設有微生物標準m及M值兩個限量如同二級法，超過m值的檢樣，即算為不合格品。其中以m值到M值的范圍內的檢樣數，作為c值，如果在此范圍內，即為附加條件合格，超過M值者，則為不合格。例如：冷凍生蝦的細菌數標準n=5，c=3，m=101，M=102，其意義是從一批產品中，取5個檢樣，經檢樣結果，允許≤3個檢樣的菌數是在m�M值之間，如果有3個以上檢樣的菌數是在m�M值之間或一個檢樣菌數超過M值者，則判定該批產品為不合格品。
（3）．ICMSF對食品中微生物的危害度分類與抽樣方案說明
為了強調抽樣與檢樣之間的關系，ICMSF已經闡述了把嚴格的抽樣計劃與食品危害程度相聯系的概念（ICMSF，1986）。在中等或嚴重危害的情況下使用二級抽樣方案，對健康危害低的則建議使用三級抽樣方案。